对于遏制蓝藻暴发、改善湖泊水质的治本之策，相关专家的见解惊人地一致，那就是必须逐步恢复湖泊受损的生态系统。这，正是让湖泊休养生息的科学依据。

　　恢复湖泊的生态系统，对经济社会建设和污染防治等方面的战略思路、政策制订和手段措施都提出了新的要求。加强管理，成为让湖泊休养生息的关键。

　　让湖泊休养生息绝非无为而治。这一战略的核心，从发展的角度而言，就是强调沿湖泊地区各级政府在经济社会建设中，必须充分考虑湖泊的环境承载能力，深刻了解和把握湖泊的生态特征，以维护和改善湖泊生态系统为出发点，对产业种类、规模和城市建设、人口密度等严格控制；从治理的角度而言，就是强调必须尊重自然的选择，以必要的人工治理措施帮助湖泊实现生态的自我修复。要做到这两个方面，都离不开严格的管理。

　　我国富营养化湖泊治理经历了多年探索，但过去的治理过程存在仅考虑局部而忽视流域整体、仅强调外源排放而忽视内源循环、仅抓点源而忽视面源等误区。这样的偏差，导致我国的湖泊治理虽然投入了大量人力、物力和财力，但收效却微乎其微，一些湖泊的富营养化状态甚至越来越严重。

　　出现这一问题的原因，正是由于缺乏科学认识和盲目快速发展导致的疏于管理。一些沿湖地区地方政府对于在经济社会建设过程中出现的湖泊环境污染和生态破坏问题，不是深刻反思原因，认真寻找症结，科学制订策略，而是片面强调以技术手段消除湖泊生态系统被破坏后产生的如蓝藻暴发之类的表象反映。这样的做法，归根结底仍未摆脱“先污染后治理”错误思想的影响。

　　前段时期几大湖泊蓝藻的陆续暴发再次发出警示，单纯的技术手段无异于“头痛医头，脚痛医脚”，加强管理迫在眉睫。

　　中国科学院南京地理与湖泊研究所专家秦伯强一语中的，湖泊治理，管理是关键，技术是支撑。这与许多科学家的观点不谋而合。

　　管理，首先必须控制住污染湖泊的外源。科学制订和完善环境标准成为重要手段。今年7月国务院召开的太湖水污染防治座谈会提出，要在太湖流域实行更高水平、更加严格的环境保护标准，这一决定，不仅适应了太湖流域当前的经济发展水平，更是为了满足太湖治理的迫切需要。在湖泊治理中，应该针对不同湖泊的不同生态系统特征、周边自然环境状况和经济规模、产业门类、人口密度等，制订出针对性、可操作性强的环境标准，依靠标准加强管理，实行严格控制，使经济社会发展建立在湖泊环境承载能力允许的范围内。

　　要加大截污控源的力度，严格企业环境监管，大力推进城市污水处理设施建设，全方位对工业、生活污水进行深度处理，控制面源和围网养殖等产生的农业污染。以强有力的管理措施和工程手段切断湖泊污染的源头，彻底消除外部环境对湖泊的威胁。

　　同时，管理还必须注重对内源的控制。要在流域全面截污、高强度治污的基础上，因势利导，科学地进行湖泊生态系统修复。要科学制订修复目标和修复技术方案，结合生态、环境、土木和水利等工程，通过必要的人工辅助措施，帮助湖泊依靠自身的水生态系统适应调节能力逐步修复水生态体系，建立良性生态系统。

　　管理是根本，技术是支撑。只有在科学的管理思想指导下，技术才能最大限度地发挥作用。在这方面，国际上有着成功的经验。位于瑞士、德国和奥地利交界处的康士坦茨湖上世纪70代生态环境极度恶化。当地政府制定了跨边界湖泊——流域土地和生物多样性保护计划、博登——符腾堡州群落生境保护法等一系列湖泊管理法律法规，不仅成立了湖泊管理机构，还成立了生态委员会、鸟类研究组织等进行全方位研究和管理。污水处理机构由国家控制，地方当局管理，接纳大约95％的城市生产生活污水，从源头控制；限制含磷化肥的使用、改变农田耕作方式，并采取底泥疏浚、机械打捞、改变营养元素循环、生物收获等物理和化学方法及利用大型沉水植物，建立有效浮游动物种群，控制藻类过量生长，净化水体等生态手段综合修复湖泊生态系统。至21世纪初，康士坦茨湖恢复到了1930年即湖泊生态恶化前水平。

　　正如中国工程院院士刘鸿亮所言，实施休养生息战略的核心是发挥自然生态系统结构的自我修复功能和自我更新能力，在不耗费或很少耗费经济成本的前提下，使江河湖泊的生态生产力得以恢复，生态系统进入良性循环。